HiC-Pro --- 处理 HiC 数据的 Pipeline

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HiC-Pro 用于 HiC 数据处理的一种管道工具，是一款高效的 Hi-C 数据分析软件。最终 HiC-Pro 可以利用相位数据来构建 allele-specific contact maps。

Install

这里介绍如何利用 miniconda 来安装 HiC-Pro 所需要的依赖。

根据作者在 Github 中的介绍，首先需要下载 Github 仓库中的 master ，通过提供的 environment.yml 来安装依赖，最后再对 HiC-Pro 进行安装。

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git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git ./
## 或者通过网页端访问仓库并下载源码进行安装。https://github.com/nservant/HiC-Pro/releases/tag/v3.1.0

## conda 创建环境并安装依赖
conda env create -f MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/environment.yml -p WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV
conda activate WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV

## 编译
tar -zxvf HiC-Pro-master.tar.gz
cd HiC-Pro-master
## Edit config-install.txt file if necessary
make configure
make install

详细安装细节，访问：https://github.com/nservant/HiC-Pro

据悉，安装最新的 3.x 版本的 HiC-Pro 需要 root 权限，由于我的服务器并不具备 root 权限；所以我采用旧版本的 HiC-Pro，安装也更加方便些，可直接通过 conda 安装。

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conda create -n HiC-Pro -c davebx hicpro

搁置

参考链接

[1] https://github.com/nservant/HiC-Pro

[2] https://lxz9.com/2021/07/18/HiC-Pro/