Samtools 的使用

发表于 分类于 ， 阅读次数： 80 本文字数： 674 阅读时长 ≈ 1 分钟

Introduction

用于查看和处理 SAM 和 BAM 文件；SAM 文件较 BAM 文件大，BAM 文件是 SAM 文件的二进制格式文件，空间占用小，且用于计算时的速度也会大大提升。

SAM 文件可以保留 reads 到参考基因组序列的比对信息；主要由两部分组成：头部（header section）和比对结果部分（alignment section）

没有 header 的 SAM 文件并不能转换成 BAM 文件

Getting Started

1. 查看 bam 文件头部

1
2
3
4
5
6
7
8
9
$ samtools view -h test.bam | head
## output
@HD	VN:1.6	SO:coordinate
@SQ	SN:chrM	LN:16571
@SQ	SN:chr1	LN:249250621
@SQ	SN:chr2	LN:243199373
.......
@RG	ID:BJ22CM016576_T	PL:Illumina	LB:lib	SM:BJ22CM016576_T   ## bwa -R 给定的参数；如：/software/bwa/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -M -k 30 -R '@RG\tID:BJ22CM016576_T\tPL:Illumina\tLB:lib\tSM:BJ22CM016576_T' ....
@PG	ID:bwa	PN:bwa	......
  • 解释：
    • HD：VN - 版本号；SO - 排列方式
    • SQ：SN - 参考序列序号；LN - 长度
    • RG：ID - 样本信息；
    • PG：ID - 比对工具；以及比对时运行的命令

参考链接

[1] https://www.jianshu.com/p/68f6e35fa4a2